[1]​ Durante estos años el joven Niels se acostumbró a la compañía de los libros y los manuscritos.

Cuando Niels Juel vuelve a Dinamarca en 1656 y Federico III le concede un puesto como oficial de la marina.

Niels Juel participa de esta expedición como capitán del barco “Sorte Rytter”.

Al año siguiente las relaciones entre Dinamarca y Suecia se volvieron muy tensas y en mayo Federico III encargo a Niels Juel que bloqueara el acceso de los barcos suecos al estrecho del Sund.

[3]​ El invierno 1657-58 fue duro en Escandinavia y los estrechos que separan Dinamarca de Suecia se congelaron.

Pocos meses después Suecia dio comienzo a la guerra sueco-danesa (1658-1660) y sus tropas asedian Copenhague.

[3]​ En 1661 Niels Juel contrajo matrimonio con Margrethe Ulfedt que contaba solo con 20 años de edad.

En octubre Cort Adeler enferma y es enviado a tierra el 2 de noviembre donde muere días después.

Durante el tiempo que Niels Juel está al mando se dirige contra la isla de Rügen y después contra Gotland donde desembarca y se ataca Visby, rindiéndose la ciudad el 1 de mayo.

Después navega hacía Bornholm donde se reunió con una flota holandesa comandada por Philipp van Almonde.

Las tropas danesas se encontraban en una apurada situación en Suecia y solo la armada podía mantener las líneas de comunicación abiertas.

La flota sueca se encontraba dividida estando anclada una parte en Skagerrak y otra en el mar Báltico.

[9]​ La armada sueca, comandada por Henrik Horn contaba con 48 navíos de línea, varias fragatas y seis brulotes.

[7]​ En esta batalla Niels Juel consigue romper la línea sueca y logra una victoria total.

Niels Juel, que ya gozaba de fama y riqueza, decidió construirse un palacio, entonces conocido como la Mansión Danneskjolds (1683-1686).

[15]​ Su nueva mansión fue diseñada por Lambert van Haven como un edificio en forma de L en estilo barroco holandés.