Tres años después fue ordenado sacerdote en Venecia, a la espera de partir hacia Tierra Santa.
Según su propia autobiografía, sus continuos desplazamientos los hizo siempre a pie hasta que el cuerpo se lo permitió, cumplidos ya los setenta años, siendo de los primeros compañeros el que más años vivió.
Opuesto al modo autoritario de gobernar la Orden impuesto por Ignacio, a quien en alguna ocasión llamó «tirano», mostró su disconformidad con las Constituciones, que juzgó prolijas y de imposible cumplimiento, y deseó que hubiese en la Compañía menos organización y más libertad.
El enfrentamiento entre Bobadilla y Laínez dio pie a la intervención del papa Paulo IV y a la introducción de rectificaciones en las Constituciones que alteraban sustancialmente el carácter de la Compañía, con la imposición de la obligación de asistir al coro o la limitación a tres años del mandato del prepósito general, cuya elección dejaba así de ser vitalicia, aunque esos cambios lo fuesen por poco tiempo, pues no se tardó en volver al espíritu original de la norma.
[1] Sus restos descansan en la iglesia de San Vito en Recanati.