No sabe de donde proviene ese mensaje, ni siquiera sabe si en verdad lo recibió o fue solo un sueño, pero decide confiar y seguir la pista de "el conejo blanco", la cual lo llevará a Trinity (una hacker que ganó fama al infiltrarse en la base de datos de Hacienda) y a Morfeo (denominado por algunos como "el hombre más peligroso que existe").
De ahí en adelante suceden una serie de eventos confusos en la vida de Thomas Anderson, sucesos que lo llevarán a descubrir la más cruda verdad: todo aquello que se cree real no es más que una simulación creada por máquinas con inteligencia artificial, que utilizan la energía producida por el cuerpo humano para alimentar a ese sistema, denominado "Matrix".
La verdad es difícil de asimilar para Thomas, pero algunas pruebas contundentes lo llevan a aceptarla.
Neo en un principio es un hombre normal y solitario, pero se enamora de Trinity desde un comienzo, luego cambia su apariencia casual a un abrigo negro largo y gafas de sol del mismo color.
Sus atributos y facultades se van sumando en la saga: ha dominado muchas artes marciales incluyendo jujitsu, kung fu, savate, kempo, zui quan, karate, taekwondo, judo y esgrima; puede esquivar y parar las balas, desafiar la gravedad, luchar de igual a igual con el agente Smith y con cientos de réplicas simultáneamente, además vuela a velocidades hipersónicas.