[2]​ Natron fue iniciado por Alexandre Gauthier en junio de 2012 como un proyecto personal.

El proyecto fue el ganador del concurso Boost Your Code 2013 de Inria.

Desde la versión 2.0, el software se volvió a licenciar bajo la GNU General Public License versión 2 o posterior para permitir una mejor comercialización.

[6]​ Todos los complementos que se distribuyen con binarios de Natron 2.0 o posterior deben ser compatibles con la GPLv2.

Los plug-ins de código cerrado, incluidos los comerciales, todavía se pueden usar con Natron, aunque la GPL según la FSF no permite cargar y vincular plug-ins de código cerrado,[7]​ o complementos que no se distribuyen bajo una licencia compatible con GPL, pero deben distribuirse por separado.