Fue elegido al Congreso Continental un año después, aunque se negó a asumir el cargo.

Gideon, por su parte, se mudó a Carolina del Norte en la década de 1730 y construyó Macon Manor, la residencia familiar.

Gideon murió cuando Nathaniel tenía a penas cinco años, por lo que este heredó unas 500 hectáreas, tres esclavos y algunas herramientas de herrería.

Un año después, regresó a Carolina del Norte y estudió derecho e historia durante tres años,[4]​ para luego volver nuevamente al servicio militar ante el avance británico por el sur en 1780.

Estuvo en la batalla de Camden y se negó a recibir una comisión o reconocimiento tras la guerra.

[7]​ En esta posición, respaldó la compra de Luisiana e instó sin éxito al presidente Thomas Jefferson a hacer lo mismo con Florida.

Jefferson le ofreció al menos dos veces el puesto de director general del Servicio Postal, aunque Macon rechazó la oportunidad en ambas ocasiones.

[5]​ En su segundo mandato como presidente, rompió toda relación con Jefferson y se unió a una facción del Partido Demócrata-Republicano: los quids; creyendo que Jefferson se había «desviado de los principios republicanos».