Rasetsu decide, persuadido por Onigumo, matar a Kikyo usando su arco y flecha.
Inuyasha, que en ese entonces había intentando también apoderarse de la perla, desiste al final de su plan y se une a Kikyo en su tarea acompañándola y protegiéndola junto con la perla.
Totalmente moribundo es encontrado por Kikyo, quien se apiada de él (desconociendo quien era en realidad) Y decide ayudarlo en su invalidez y haciendo lo posible por ayudarlo a recuperarse, sin embargo ella sabe que él no podría recuperarse de tan terribles quemaduras.
A lo cual Kikyo le ofrece la perla para que ambos puedan realizar su deseo.
Ese mismo día a la noche, Naraku decide entonces robar la identidad de Inuyasha y apoderarse de la perla, se acerca al templo donde la perla se encontraba pero al ver que Kikyo ya estaba allí, decide marcharse y cambiar sus planes.
Posteriormente aparece Naraku con la identidad de Kikyo y lo ataca con una flecha diciéndole que jamás le entregaría la perla a un mitad perro demonio cómo el.
Inuyasha lleno de ira y al sentirse completamente traicionado por Kikyo decide retomar su primer plan de obtener la perla para convertirse en un demonio completo y no volver a ser rechazado.
A pesar de que su plan resultó todo un éxito, Naraku no consigue obtener la perla pues ésta vuelve a manos de Kikyo en sus últimos momentos y ella fallece para luego ser cremada junto con la misma, llevándosela al más allá.
Poco tiempo después de ello, Naraku se encuentra con un sacerdote quien sería el abuelo del monje Miroku.
Al enfrentarse con éste logra herir en una mano al hombre maldiciéndole la herida y transformándola en un Kazana, un agujero negro que a la larga lo va devorando por dentro y que es heredado por todos sus descendientes.
Inuyasha no está dispuesto a permitir que esto pase y ataca con un Meidou Zagetsuha el cual es absorbido por Naraku, quien al mismo tiempo se fusiona con la perla.
Inuyasha no comprende a que quiere llegar Kagome con dicha conversación.
En ese instante, Naraku contraataca con lanzas de shouki las cuales son repelidas por Inuyasha y un Meidou Zangetsuha.
Usó este poder para evitar que los otros lo mataran y así poder prepararse para estrellar su gigantesco cuerpo lleno de shōki en la Villa Kaede.
Inuyasha usó el Meidou Zangetsuha para enviar definitivamente su cuerpo al Infierno, pero su alma permaneció con energía negativa y miasma.
El alma de Naraku, que aparecía como una sola cabeza sobre la joya perforada, se cernía sobre el pozo del Devorador de huesos y decía que había hecho un deseo diferente sobre el Shikon no Tama anteriormente en la batalla, y que cuando muriera ese deseo sería concedido.
También puede perder gran parte de su cuerpo sin significar problema para él, ya que se regenera.