Los nanocompartimientos de encapsulina, o jaulas de proteína encapsulina, son orgánulos procariotas que consisten en compartimientos proteicos esféricos de aproximadamente 25-30 nm de diámetro que están involucrados en varios aspectos del metabolismo, en particular protegiendo a las bacterias y arqueas del estrés oxidativo.
[1] Su función depende de las proteínas cargadas en el nanocompartimiento.
Su estructura se ha estudiado con gran detalle mediante cristalografía de rayos X y microscopía crioelectrónica.
Los nanocompartimientos de encapsulina son estructuralmente similares a las cápsides de los caudovirus y los herpesvirus con los que parece estar emparentado y comparten una proteína similar.
En estado ensamblado, el compartimento mejora la actividad de su carga, una enzima peroxidasa.