[2] Temiendo que Nagasaki cayera ante su rival Takanobu, Omura Sumitada o Dom Bartolomeu, decidió ceder la ciudad directamente a los jesuitas en 1580.
Los jesuitas se encargarían de elegir un regedor para administrar la ciudad y jurar lealtad a Sumitada, quien todavía era considerado nominalmente el señor del territorio.
La ciudad fue descrita por tener "una cantidad inusual de niños", ya que sus habitantes cristianos evitaban el infanticidio, algo común en la sociedad japonesa.
Siempre que el barco estaba en puerto, su capitán actuaba como la máxima autoridad en cualquier asunto relacionado con la ciudad.
En 1586, las tierras del clan Omura fueron invadidas por las fuerzas de Shimazu Yoshihisa, lo que amenazó enormemente a la ciudad.