Sin embargo, el descenso del filial verdiblanco a Tercera División, la temporada 1988/89, le permitió obtener la libertad y, con su compañero José Carvajal, se marchó al eterno rival, el Sevilla FC[1] Aunque inicialmente tenía ficha con el Sevilla Atlético, las lesiones en el primer equipo hicieron que el entonces técnico sevillista, Vicente Cantatore, recurriese a Conte y otros canteranos nada más comenzar la temporada 1989/90.
Conte se convirtió, rápidamente, en una de los futbolistas más destacados del club hispalense.
[3] Aunque el Sevilla se impuso por 4-1, el RCD Español impugnó el encuentro por la alineación indebida de Conte.
Conte permaneció en el Sevilla FC durante tres años más, jugando prácticamente siempre como titular.
Conte disputó los últimos 31 minutos de juego, tras reemplazar a Gabriel Moya.