Anteriormente era considerada como especie en peligro crítico de extinción por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN), pero actualmente, siguiendo a Birdlife International, es considerada un sinónimo del hormiguerito luctuoso (M. luctuosa), y, por lo tanto, no evaluado específicamente.
[5] La especie M. fluminensis fue descrita por primera vez por el ornitólogo brasileño Luiz Pedreira Gonzaga en 1988 bajo el mismo nombre científico; localidad tipo «Santo Aleixo, Río de Janeiro, Brasil».
[7] Esta especie tiene su validad taxonómica cuestionada por varios autores; inicialmente se pensaba que se trataba de un híbrido entre Myrmotherula unicolor y la entonces subespecie Myrmotherula axillaris luctuosa, y posteriormente posiblemente una variación de esta última.
Existen dudas si las observaciones recientes se refieren al mismo taxón de la descripción original.
Son necesarias análisis más amplias, incluyendo las grabaciones de voces recientes, para determinar su real condición taxonómica.