En el año 2002 ganó las elecciones presidenciales, sucediendo a Daniel Arap Moi como tercer presidente de Kenia.

Nació en la región del monte Kenia en 1931, y perteneció a la etnia kĩkũyũ, mayoritaria en el país.

Tras su segunda derrota electoral, y dada su edad, muchos analistas pensaron que se retiraría.

La victoria electoral se basó en una intensa campaña en la que Kibaki prometió, entre otras cosas, acabar con la corrupción y redactar una nueva Constitución para el país en el plazo de cien días.

Este cambio al texto que había aprobado la comisión constitucional en marzo de 2004 provocó fuertes críticas en Kenia, así como disturbios violentos en Nairobi, la capital del país.