El museo estuvo originalmente ubicado en la Mansión Gracie, donde el espacio disponible era muy limitado.

El éxito del proyecto fue tal, que llevó a la búsqueda de una nueva sede permanente para el museo.

McDonald fue reemplazado en 2002 por Susan Henshaw Jones, quien en ese momento era la presidenta del National Building Museum en Washington, D.C.

También hubo un intento de fusionar el museo con la Sociedad Histórica de Nueva York, que no se concretó, y el museo pasó por alto en un sitio en el nuevo World Trade Center.

También hay dioramas sobre la historia de la ciudad, así como su entorno físico original.

La colección también incluye fotografías del director de cine Stanley Kubrick.

[11]​ En junio de 2007, el museo abrió una exposición temporal llamada «The Glory Days 1947–1957», una mirada fotográfica en profundidad a la historia del béisbol profesional en la ciudad de Nueva York.

y se convirtió en un participante activo del Movimiento por los derechos civiles .

En mayo de 2012, el Museo abrió un nuevo espacio dedicado a la Fundación Puffin y su colección.

La exhibición explora la historia del baloncesto en la ciudad de Nueva York, incluidos jugadores como Kareem Abdul-Jabbar y Bob Douglass .