[3]​ El museo está ubicado en el centro antiguo de la ciudad, no lejos de la Basilica del Santo Niño.

A lo largo del siglo xx sirvió como convento parroquial, luego como escuela de la Universidad de San Carlos, luego como negocio cooperativo y luego, ya durante su renovación (a partir de 2000), como capilla provisional.

[3]​ La capilla del museo se convirtió en un área de exhibición, donde está instalada la Colección del Carmen, a nombre la cebuana parroquia del Carmen, que consiste en un tabernáculo, gradas y retablos de madera revestidos de plata adornada de grabados.

La capilla conmemorativa también se utiliza con frecuencia para exposiciones especiales.

[4]​ Subiendo una amplia escalera hacia las plantas superiores, el visitante va recorriendo varias galerías, en el siguiente orden: El Museo de la Catedral de Cebú es una institución eclesiástica perteneciente a la Arquidiócesis de Cebú, y por tanto gestionado por la Comisión Arquidiocesana para el Patrimonio Cultural de la Iglesia en Cebú.