El espacio museístico ha sido acondicionado en una antigua carnicería y matadero de inicios del siglo XVII, cuyos últimos propietarios fueron la familia Bodega y Quadra y Mollinedo.
Estas instalaciones fueron descubiertas durante las excavaciones para la construcción de un edificio en el año 2005.
En 2012 el Ministerio de Cultura promovió la creación del museo respetando la arquitectura de la antigua casa colonial y sus cimientos.
[2] En otro ambiente se exponen objetos cotidianos encontrados durante las excavaciones, como porcelana china y panameña, candelabros y cubertería.
En otra de las salas se han preservado objetos relacionados al trabajo en madera y cuero.