El museo fue creado como tal en 1996 mediante Decreto Supremo 21499 y funciona en una casona de estilo Art Nouveau construida entre 1915 y 1920 por el Arq.

La familia Gutiérrez Jiménez la vendió al Estado boliviano en 1960, a partir de entonces pasó a manos de diferentes entidades públicas hasta que en 1989 fue puesta a cargo de la universidad pública Gabriel René Moreno con la finalidad de que en esa infraestructura funcione un Museo y un Archivo Histórico.

[4]​ Son objetivos del Museo de Historia conservar, desarrollar y difundir el conocimiento de la región, a través de investigaciones, publicaciones y exposiciones.

A través del Museo de Historia se pretende consolidar la identidad cultural e histórica; conservar el pasado en el Archivo Histórico y la biblioteca especializada en historia regional; desarrollar la investigación en el centro de investigaciones histórica; difundir en dos sentidos: uno académico, en el instituto de seminario de historia, y otro de esparcimiento y aprendizaje, en las salas de exhibiciones.

Este edificio cuenta con sala de exposición; sala de conferencias; casa-teatro con capacidad para 70 personas y una compañía de teatro estable del Museo; la colección de documentos más antiguo del Oriente Boliviano, una colección de documentos coloniales, desde 1614 hasta el primer siglo republicano; algunos espacios existentes en el museo son: La vivienda fue declarada patrimonial y de preservación integral por el Gobierno Autónomo Municipal de Santa Cruz.