Su sede está ubicada en la acera norte de la Plaza 24 de Septiembre.

Este se compone del poder ejecutivo, representado por el alcalde y su gabinete de secretarios municipales, y el concejo municipal constituido por representantes elegidos igualmente por voto popular a través de elecciones municipales cada 5 años.

El municipio de Santa Cruz se halla dividido, para su administración, en 12 Distritos Municipales urbanos, y 3 Distritos Municipales Rurales[1]​ que a su vez se dividen en Unidades Vecinales (UV) y Barrios.

Cada distrito cuenta con una subalcaldía, sumando 15 subalcaldías, la autoridad responsable es elegida por el alcalde.

Para la administración de la ciudad el Gobierno Autónomo presenta instancias denominadas Secretarías que se encargan de áreas técnicas específicas de gestión y planificación, en 2022 estas son:[2]​