Es el segundo museo más antiguo de Chile y el primero a nivel regional.

[1]​ El Palacio Lyon, en el cual está emplazado, fue declarado Monumento Nacional de Chile, en la categoría de Monumento Histórico, en 1979.

Tras pasar por varias instalaciones, desde 1988 tiene su sede en el Palacio Lyon que fue declarado Monumento Nacional en 1979.

[1]​ Hacia 1984 su colección estaba compuesta por 25 856 piezas y recibió 7150 visitantes en 1980.

[2]​ Actualmente está administrado por el Servicio Nacional del Patrimonio Cultural.