[3]​ Durante un siglo, el edificio recibió distintas modificaciones, fue sede del X Congreso Geológico Nacional, de la fundación de la Sociedad Geológica Mexicano, y su nombre fue modificado en diversas ocasiones, dependiente de la UNAM.

El primer dinosaurio encontrado, recolectado y restaurado en México, denominado Isauria, fue expuesto en las instalaciones del museo en 2003, en la celebración del 450.º aniversario de la UNAM.

Hay 500 clases de minerales: talco, cuarzo, calcita, esmeralda, rubí, ópalo, diamante, barita, azufre, fluorita, carbón, minerales de hierro y uranio, etc. clasificados por composición química: sulfuros, sulfosales, óxidos, hidróxidos y carbonatos.

Cuenta con una Sala del Sistema Tierra, con una colección en colaboración con el Museo Universum.

[5]​ El edificio, con su fachada de ignimbrita, cuenta con 10 vitrales elaborados exprofeso por la casa fundada por el artista Alemán Franz Xaver Zettler.