Actualmente cuenta con trece salas, las cuales se encuentran divididas por una temática diferente.

[3]​[4]​ Estas exhibiciones permanentes se localizan en 13 salas principales con diversos temas.

[3]​ Por esta razón, el museo diseña exhibiciones con lenguaje simplificado y presentaciones atractivas.

En la planta baja se sitúan el Planetario "José de la Herrán", Jardín Universum, que tiene las siguientes secciones, Casa UNAM, Mariposario y Huerto urbano; la exposición Océano, inmensidad desconocida, el Espacio infantil, actualmente en remodelación, y la sala de exposiciones temporales A.

En primer piso están las exposiciones permanentes "Imaginario matemático", "R3 - Reduce, Reutiliza, Recicla", "Agua, elemento de vida", "El cerebro, nuestro puente con el mundo", "Baylab" y "La química está en todo".

En el segundo piso están "El Universo," "Decide, tu espacio, tus ideas, "Ventana de Euclides", "Hábitat, el espacio de todos", "Evolución, vida y tiempo", "Salud" y "Sexualidad".

La segunda, es la exposición que se inauguró el 15 de septiembre del mismo año, la cual lleva por nombre "México, 30 años después del sismo",[14]​ exposición que muestra fotografías de los fotógrafos japoneses Seiji Shinohara y Ichiro Kitazawa sobre los terremotos que han sufrido ambos países.

El museo también ofrece pasantías y otros programas para estudiantes de licenciatura.