[3] Primero alojado en el auditorio de la ciudad de Houston, la colección se alojó posteriormente en la Biblioteca Central durante siete años, y luego en un sitio en el Houston Zoo en 1929.
Los programas educativos de amplio alcance del museo comenzaron en 1947 y, en su segundo año, recibieron a 12000 niños.
La construcción de las instalaciones actuales en el Hermann Park comenzó en 1964 y se completó en 1969.
En 1988, el Challenger Learning Center se abrió en memoria de los tripulantes del transbordador espacial Challenger que fallecieron durante la décima misión del transbordador.
El Teatro Wortham IMAX y el Observatorio George, fuera del sitio, se inauguraron en 1989.
El paleoartista, Julius Csotonyi, creó catorce murales basados estrechamente en dibujos conceptuales del Curador de Paleontología del HMNS, Robert Bakker, para la nueva sala de paleontología.