Forma junto a la Biblioteca Departamental Jorge Garcés Borrero, el Museo Interactivo Abrakadabra y el Centro para la Innovación e Investigación Pedagógica (CIIP) el macro-proyecto Manzana del Saber.
10 años más tarde el Departamento adquirió parte de la colección arqueológica del padre Emilio Camacho.
Con la creación en 1962 del Parque nacional natural Farallones de Cali, por medio del decreto 162 el cual reglamentaba que toda colección botánica o zoológica realizada en el lugar debería ser conservada en el museo que se crearía para tal labor, y en el cual se conservarían también las dos colecciones adquiridas previamente y que hasta entonces habían sido expuestas en diversos lugares por falta de uno propio.
Al entrar a operar la nueva institución en el edificio del museo, este empezó a ver reducido su espacio para exposiciones, por lo que parte de la colección fue trasladada al Jardín Botánico en el corazón del Valle.
[1] En el año 2003 el museo se traslada a la que hoy es su sede en el Centro para la Ciencia, la Cultura y la Educación Rodrigo Lloreda Caicedo (CECCE), actual Manzana del Saber.