Se inauguró en 1891 en el edificio principal bajo la dirección del pintor y arqueólogo Osman Hamdi Bey.
El museo pronto incrementó sus colecciones con fondos provenientes de todo el Imperio otomano.
La construcción del edificio principal se inició en 1881, siendo su arquitecto Alexander Vallaury.
En 1991 se amplió el recinto con un nuevo edificio de cuatro plantas.
Estas salas están divididas en las siguientes galerías: En el patio exterior se pueden contemplar los sarcófagos de pórfido (siglos IV-V) en los que fueron enterrados los primeros emperadores bizantinos.