Entre los ejemplares exhibidos se encuentran invertebrados como gasterópodos, bivalvos, equinoideos y crinoideos, además de vertebrados, donde se incluyen peces óseos y reptiles marinos encontrados en la zona.

En 1978, con la asistencia del entonces presidente Misael Pastrana Borrero se le otorgó una rectificación de estabilidad por 50 años prorrogables.

Los estudios paleontológicos en Colombia presentan avances en el conocimiento sobre el devenir histórico mediombiental colombiano, que son divulgados en publicaciones especializadas del ámbito nacional e internacional.

No obstante los objetivos y propósitos científicos válidos y reconocidos académicamente, no son suficientes para conservar el patrimonio material y dar respuesta a las necesidades cotidianas de la gente que está vinculada a la existencia de estas zonas con potencial paleontológico.

En el año 2019 el museo inauguró el primer jardín paleontológico interactivo de Colombia, como parte del trabajo realizado por el biólogo Brandon Cerpa Gutiérrez, egresado de la Universidad Nacional de Colombia, y liderado por el director del museo el profesor Petter Lowy Cerón.

El paleojardín funciona por medio de una aplicación que se debe descargar en un dispositivo móvil, llamada Naddie AR.

Al escanear los letreros dispuestos a los largo del recorrido con la cámara del dispositivo móvil, este despliega un modelado 3D que permite a los usuarios interactuar con las animaciones y obtener información científica y clara sobre la especie, como su descripción, origen, distribución, hábito, conservación y usos, entre otros.

Diversificación de las flores: Donde se continúa la línea cronológica en el Cenozoico y se encuentran especies como el sietecueros (Tibouchina urvilleana), el sauco (Sambucus nigra) y el chicalá (Tecoma stans).

Conquista de las montañas: Donde se enseña la diversidad de las plantas según el gradiente altitudinal en el que se desarrollan, y se encuentran especies de árboles Andinos como el cedro (Cedrela montana), el nogal (Juglans neotropica), el guayacán (Lafoensia acuminata) y el roble (Quercus humboldtii).

Donde se encuentran especies como el fique (Furcraea cabuya), la pitahaya (Hylocereus megalanthus) y el tuno (Opuntia ficus-indica).