Presenta exposiciones temporales referentes a la estampa y resguarda el acervo nacional de gráfica, conformado por obra de artistas nacionales e internacionales, principalmente del siglo XX y XXI.

El museo resguarda el acervo de estampa más grande en México: la colección nacional de estampas (alrededor de 12 000 obras), con obra de artistas como José Guadalupe Posada, José Clemente Orozco, David Alfaro Siqueiros, Leopoldo Méndez, Mario Benedetti e Ilya Kabakov, mostrando así tanto la tradición en la estampa mexicana como de otros países.

En este sentido, la estampa es entendida como un arte visual cuya particularidad es su carácter múltiple y reproductible.

La vocación del museo es conservar, documentar, investigar, transmitir y exponer, con fines de estudio, educación y recreo, la Colección Nacional de Estampas, un acervo que reúne obras de arte universal.

Una de las principales preocupaciones del MUNAE ha sido adaptarse al nuevo papel de los museos, y su contacto con la sociedad, por lo cual día con día busca mantener un diálogo con los artistas, investigadores, críticos, teóricos, coleccionistas, pero particularmente con el público.