La primera colección se alojó en el edificio al-Madrasa al-Adiliyeh (una construcción del siglo xii.

[2]​ Destinó más tarde dos salas al arte islámico y en sucesivas ampliaciones, se fue organizando en secciones.

A partir de ese momento, nuevas excavaciones arqueológicas han ido enriqueciendo la colección permanente.

Las piedras y piezas originales fueron trasladadas a Damasco para reconstruir allí con ellas esta puerta magnífica como acceso principal al Museo Nacional.

Desde Deir Ezzor pudieron evacuarse alrededor de 35 000 piezas y desde otros museos sirios varios miles, gracias a la labor del equipo.