Las colecciones se han enriquecido con material de campañas científicas y donaciones.

[2]​[3]​ En este museo se realizan investigaciones científicas en disciplinas tales como la zoología micromamíferos, paleontología y entomología.

[3]​Las exposiciones que se realizan en el museo son de carácter permanentes y temporarias con temáticas específicas.

Originalmente se llamó Museo Regional, Histórico y Tradicional de Mar del Plata Florentino Ameghino.

Los primeros directores fueron el historiador Julio César Gascón y luego Galileo J. Scaglia, quien ejerció el cargo durante cuarenta años.