Durante la dictadura del General Gustavo Rojas Pinilla la actividad cultural de la ciudad decayó notablemente.Durante los doce años que la institución tuvo como sede la casa en el tradicional barrio, por las mañanas funcionó una escuela privada, sostenida por los socios del museo, y por las tardes se presentaban diversas obras de artistas locales y extranjeros, con lo cual se aumentó progresivamente la colección de la institución.[2][3][4] La expansión y necesidad de una sala de exposiciones conllevo a que en 1968 se construyera el Edificio Fundacional en la ribera del río Cali, en el lugar conocido como El Charco del Burro.Una vez rellena la hondonada se procede a construir el edificio con la firma Lago, Saenz y Edmond Cobo, planos de Manuel Lago, quien se inspiró en el Palazzo della Civiltà Italiana, una doble fachada que contrapone las aberturas funcionales y propias de unas salas de exhibición en uso, y una segunda, externa, que le da al museo un tono general limpio y continuo.El área más cercana a la montaña se pensó inicialmente como un auditorio al aire libre.Esta sala de exposiciones se encontraría paralela a un auditorio, con el cual compartiría elementos estructurales como cableado y batería hidráulica, entre otras cosas.En la pared curva del auditorio se instalaría la escultura de Edgar Negret "La Escalera".[5] La capacidad de almacenamiento del Edificio Fundacional ya no era suficiente, por lo que se designó nuevamente a Manuel Lago un nuevo edificio para este fin, y que tan bien serviría para exponer obras de altura considerable, y que por sus dimensiones no podían ubicarse en las instalaciones originales.La colección es variad en cuanto a formatos, encontrándose dibujo, serigrafía, grabado, pintura, escultura, fotografía, vídeo, carteles y fotos de cine, libros, entre otros.Por último, en el tercer piso se incluye la muestra El arte como experiencia, que toca la singularidad del cuerpo y lo corporal en las prácticas artísticas latinoamericanas.
