Cuenta, además, con una Sala de Conferencias y con la Biblioteca especializada Dr. Agustín Zapata Gollán.

[3]​ Desde entonces, ambas instituciones son administradas por el Departamento de Estudios Etnográficos y Coloniales, buscando lograr objetivos comunes.

La Sala de Exhibición constituye el núcleo principal abierto al público, exponiendo los descubrimientos hechos.

Las otras son la Sala de Conferencias y la Biblioteca especializada Dr. Agustín Zapata Gollán, en honor a su máximo exponente.

Respecto a los primeros, se presentan piezas arqueológicas de sociedades cazadoras, recolectoras, pescadoras y horticultoras que habitaron la llanura aluvial del río Paraná y la planicie pampeana desde hace 2000 años hasta la llegada de los españoles.