A partir de 1996 se decidió realizar una rehabilitación del edificio y acondicionarlo para convertirlo en museo.

Algunos de los hallazgos menos importantes, junto con otros objetos tradicionales y otros objetos que había reunido en bizantinólogo Dimitris Pallas, se conservaron inicialmente en el edificio del ayuntamiento de Salamina y, desde 1964, en la llamada «sala Eurípides».

En 1967 se construyó junto a la iglesia de Agios Nikolaos un pequeño edificio que sirvió como museo arqueológico al que se transfirieron los objetos, junto con los que estaban alojados en el Museo Arqueológico Nacional de Atenas, pero unos años después el edificio fue considerado inadecuado y los objetos más importantes fueron llevados al museo de El Pireo.

Las excavaciones de Kanakia sacaron a la luz un importante asentamiento que incluía un complejo palacial del periodo micénico.

En particular, el periodo submicénico está representado por los objetos encontrados en una amplia necrópolis excavada cerca de la base naval.

Por otra parte, una sección especial la constituye la unidad dedicada a "Salamina, entre el mito y la historia".