También se destacan los mitos que están asociados con esta zona, así como la presencia de importantes personajes de la cristiandad, como el apóstol Pablo y su discípulo Tito.

[4]​ En una época posterior floreció el palacio o mansión de Hagia Triada, que muestra características donde confluyen las culturas minoica y micénica.

Su construcción puede situarse hacia 1640-1600 a. C. y su final hacia 1200-1100 a. C. De este centro administrativo el museo conserva algunos objetos como vasijas, inscripciones en lineal A, sellos, placas de cobre y figurillas.

Singulares son unas figurillas que forman un círculo, danzando y un conjunto de higos carbonizados, fechados en torno a 1500-1450 a. C.[5]​ Esta misma sala dedicada a la prehistoria alberga también objetos de otros asentamientos, santuarios y tumbas de la Edad del Bronce.

[8]​ Por otra parte se expone el surgimiento y auge de la ciudad de Gortina, junto con varios puertos para intercambios comerciales que aumentaron la prosperidad de dicha ciudad durante muchos siglos, y que fue especialmente importante en época romana, durante los siglos II y III.

[9]​[10]​[11]​ Por otra parte, se expone la historia del área en relación con los primeros cristianos y la época bizantina.