Cinco años después fue transferido a la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (hoy Servicio Nacional del Patrimonio Cultural).

[2]​ El edificio que lo alberga actualmente fue construido durante el Plan Serena.

Al interior del Museo Arqueológico también existe una biblioteca antropológica e histórica, la cual conserva desde antiguos manuscritos coloniales hasta periódicos de inicios del siglo XX editados en la zona.

Entre 2010 y 2011 el museo fue ampliado mediante la construcción de un nuevo edificio anexo, con lo que aumentó la superficie destinada a exposiciones.

[5]​ Dicho sector fue inaugurado el 13 de abril de 2012, y en 2014 se inició la reconstrucción del sector antiguo del museo.