Posteriormente, en 1872, el arqueólogo Panagiotis Stamatakis reunió otra serie de hallazgos arqueológicos que formaron el núcleo original del museo.
Así pues, entre 1974 y 1976 se construyó un edificio para albergarlos.
Durante la Segunda Guerra Mundial los objetos del museo se trasladaron a un escondite para evitar posibles daños o saqueos.
Tras algunas reformas que tuvieron lugar en la segunda mitad del siglo XX, el número creciente de hallazgos ha creado la necesidad de construir un nuevo museo en otra área.
Por otra parte, son destacables una serie de grandes ánforas usadas para enterramientos.