El museo nació como fruto de la labor investigadora de 48 años del peruanista Enrique Brüning.

[1]​ El edificio donde se ubica, diseñado por el arquitecto Celso Prado Pastor en estilo moderno, fue inaugurado en 1966[1]​con financiación del gobierno alemán.

La fachada muestra un colorido mural con motivos lugareños que narra el mítico desembarco de Naylamp en las costas peruanas.

[2]​ El interior del edificio principal es una secuencia de cuatro niveles, entre sus corredores y salones se exponen más de 1400 piezas arqueológicas, manifestaciones que fueron legados de las culturas lambayeque, moche, chavín, vicús, inca y otras.

Ubicada al inicio del recorrido.