A su costado oriental fluye de norte a sur el río Suchiate, del que recibe el nombre y que sirve de límite entre México y Guatemala.

Siendo su cabecera municipal, Ciudad Hidalgo el más importante punto fronterizo con Guatemala.

Tres ríos de importancia riegan su territorio, el primero es el río Suchiate que sirve de límite fronterizo con Guatemala, además el río Cahoacán y el río Cosalapa, todos estos ríos descienden a la planicie desde la Sierra Madre de Chiapas, y en ocasiones lluvias torrenciales los han hecho desbordar y causar grandes daños a las poblaciones de la llanura, como ocurrió en el año 2005 tras las lluvias provocadas por el Huracán Stan.

[7]​ El clima que se registra está catalogado como Cálido subhúmedo con lluvias en verano,[8]​ la temperatura media anual en su zona costera y más baja es superior a los 28 °C, mientras que en la zona más elevada, al norte del territorio, va de los 26 a los 28 °C;[9]​ y la precipitación promedio anual es de 2,000 a 1,000 mm.

[10]​ Según la clasificación climática de Köppen, el clima del municipio corresponde al tipo Aw (tropical seco).