Tiene límites administrativos con los siguientes municipios y/o accidentes geográficos, según su ubicación:[4]​ Zona relacionada con los ríos Santa María y Huamelula.

El clima de este municipio es caluroso en los meses de enero a junio, en la mitad del año con temperatura templada y temperaturas frescas con viento al fin del año.

San Pedro Huamelula esta conformado por 24 localidades en las que según el censo del población 2020 [5]​ viven 9,735 habitantes, de los cuales 4,802 son hombres y 4,933 mujeres.

Las principales localidades son: Se cultiva frijol, maíz, sésamo, sorgo, sandía, melón, jitomate y cacahuate.

Se capturan pescados y mariscos que son comercializados en Salina Cruz.