El municipio de San Pedro Comitancillo se encuentra localizado en la región Istmo y en el distrito de Tehuantepec, al sureste del estado.

Sus límites corresponde al norte, noreste y este al municipio de Asunción Ixtaltepec, al sur con el municipio de San Blas Atempa y el municipio de Santo Domingo Tehuantepec, al suroeste con el municipio de Santa María Mixtequilla y al noroeste con el municipio de Magdalena Tlacotepec.

El municipio se encuentra formado por tres localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: El gobierno de San Pedro Comitancillo corresponde al ayuntamiento, este es electo por el principio de partidos políticos, vigente en 146 municipios de Oaxaca, a diferencia del sistema de usos y costumbres vigente en los restantes 424.

Por tanto su elección es como en todos los municipios mexicanos, por sufragio directo, universal y secreto para un periodo de tres años renovables por un periodo inmediato, el periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.

El Ayuntamiento se integra por el Presidente Municipal, un Síndico y un cabildo formado por cinco regidores.