En esta zona el sistema de topoformas es la sierra alta compleja.

[5]​ Los cursos de agua más importantes del municipio son los ríos Balsas, Río Grande, Zapote, Rio Sabino.

[6]​ De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 7244 personas, repartidas entre 20 localidades.

[8]​[9]​ El ayuntamiento se compone de un síndico, cinco regidores y un presidente municipal, puesto que desempeña Joel Ángel Bravo Martínez para el periodo 2021-2024.

[4]​ San Miguel Amatitlán pertenece al III Distrito Electoral Federal de Oaxaca y al VI Distrito Electoral Local, con sede en Huajuapan de León.