El municipio de Pánuco es esencialmente plano, se encuentra localizado en la denominada Llanura Huasteca y tiene un promedio de altitud de 10 metros sobre el nivel del mar, hacia la zona norte se encuentran algunos lomeríos que ondulan el territorio, el único punto que llegar a alcanza 100 metros sobre el nivel del mar se encuentra al centro del municipio y es denominado Cerro el Carrizal.

[7]​ El municipio se encuentra dividido entre tres cuencas hidrológicas, la zona centro pertenece a la Cuenca del río Pánuco, la zona norte corresponde a la Cuenca del río Tamesí y un pequeño sector del suroeste a la Cuenca del río Moctezuma, las tres forman parte de la Región hidrológica Pánuco.

[12]​ Las principales especies vegetales son las que corresponden a la selva baja caducifolia y al tular manglar, entre las principales especies animales están armadillos, tejones, mapaches, ardillas, coyotes, halcones, garzas y nauyacas.

La Carretera Federal 105 tiene un sentido norte a sur, ingresa al municipio desde el sur proveniente de El Higo y comunica a las localidades de El Molino y la cabecera municipal, Pánuco, para finalmente entroncar con la carretera 70 en Antonio J. Bermúdez.

El gobierno del municipio de Pánuco está a cargo de su Ayuntamiento, que es electo mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que no son renovables para el periodo inmediato posterior pero si forma no continua, está integrado por el presidente municipal, un síndico único y el cabildo conformado por diez regidores, seis electos por mayoría relativa y cuatro por el principio de representación proporcional.