La cabecera de este municipio es la población del mismo nombre.
El nombre de Naupan proviene del náhuatl Nayôpan, que significa sobre cuatro ríos.
Deriva de las palabras nahui, cuatro; atl, agua y pan, sobre.
El territorio municipal limita al noroeste y norte con el municipio de Pahuatlán, al noreste con el municipio de Tlacuilotepec y al este y sur con el municipio de Huauchinango; al suroeste limita con el municipio de Acaxochitlán del estado de Hidalgo.
Las principales localidades y su población son las siguientes: El gobierno del municipio de Naupan le corresponde a su ayuntamiento, que está conformado por el Presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por seis regidores; todos son electos por voto universal, directo y secreto para un periodo de cuatro años que pueden ser renovables para el periodo inmediato posterior por una única ocasión.