La altitud máxima que se alcanza en el territorio municipal es de nueve metros sobre el nivel del mar.

[10]​ En el municipio de Mérida se registran dos tipos de clima, la zona norte y noroeste registra clima clasificado como Semiseco muy cálido y cálido, el resto del territorio tiene un clima Cálido subhúmedo con lluvias en verano;[11]​ la temperatura promedio anual del tercio sur del territorio del municipio es superior a los 26 °C, mientras que el resto, centro y norte, registra una temperatura promedio inferior a esta cifra;[12]​ la precipitación promedio anual en la mayor parte del municipio de Mérida, en su zona centro y sur, es de 1.000 a 1.100 mm, después de esta zona sentido sureste a noroeste, se suceden una serie de bandas que promedios inferiores de precipitación, siendo estos de 800 a 1.000 mm la primera, de 700 a 800 mm la segunda, de 600 a 700 mm el tercero, y de 500 a 600 mm la cuarta y última que ocupa el extremo noroeste del municipio.

[13]​ La flora que se encuentra en el municipio de Mérida es considerada como de selva baja, y entras las especies nativas destaca el henequén, principal producto industrial de la zona durante gran parte de su historia moderna;[14]​ entre las principales especies animales se encuentran conejo, venado, tuza, zarigüeya, zorrillo, iguana, serpientes, golondrina y paloma.

Habiendo sido desplazado tiempo atrás el sector agrícola que fue actividad principal del municipio hasta principios del siglo XX, el sector terciario: el comercio, el turismo y diversos otros servicios, representa actualmente el más importante segmento de actividad productiva del municipio, seguido del sector industrial.

El presidente municipal entra a ejercer su cargo el día 1 de septiembre del año en que fueron elegidos.