Cuautinchán es atravesado al norte por la Sierra de Amozoc.

Al suroeste del municipio se encuentra la depresión de Valsequillo y al centro y oriente el Valle de Tepeaca.

Este municipio no cuenta con corrientes de agua importantes, con excepción del río Atoyac que cruza el municipio un corto tramo en la región sureste.

Sin embargo existen algunos arroyos intermitentes que nacen en la sierra de Amozoc y se unen al Atoyac.

Considerando su población según el Censo de 2020, las principales son: Dentro del municipio existen dos juntas auxiliares: San Jerónimo Almoloya y Alpatláhuac, la primera con 2.078 habitantes y la segunda con 616 habitantes.