Varios miembros del personal de Square se unirían a Takahashi en MONOLITHSOFT, incluidos Hirohide Sugiura y Yasuyuki Honne.

Esto dejó a Takahashi sin fondos ni espacio creativo para desarrollar más proyectos independientes o continuar la saga Xenogears.

[5]​ En 1999, Takahashi habló con Hirohide Sugiura, quien también había trabajado en Square y comenzaba a sentirse frustrado por la falta de libertad creativa.

Sin embargo, Namco estaba interesada en invertir en Monolith Soft como una subsidiaria dedicada, mientras manejaban la logística y el marketing para que el personal principal pudiera concentrarse en el desarrollo de videojuegos.

Xenosaga fue un sucesor espiritual de Xenogears; El desarrollo comenzó en el 2000, cuando se había reunido suficiente personal, y duró aproximadamente dos años.

[5]​[7]​ Al igual que con Xenogears, el guion del juego fue escrito por Takahashi y Tanaka, quienes planearon la serie Xenosaga como una hexalogía.