Suele ser muy lento para descomprimir en dispositivos de audio portátiles, y tiene una compatibilidad limitada en plataformas que no sean Windows.

Teniendo esto en cuenta, comprimir y descomprimir es normalmente ligeramente más lento que con FLAC y Shorteny, debido a decisiones de diseño, es problemático portar el descompresor a reproductores de sonido portátiles.

Monkey’s Audio ha sido criticado porque no es software libre, por su peculiar o ambigua licencia.

El formato Shorten (más antiguo) ha sido usado por muchos años por los entusiastas de la grabación en vivo.

Sitios como etree usan típicamente Shorten, aunque se está empezando a popularizar FLAC.

Monkey’s Audio pretende conservar intacta la información del fichero original en el menor espacio posible.