Con algunos avatares, incluida su destrucción parcial por un incendio en 1647, la abadía permaneció activa en su vida monacal hasta que en 1835 se produjo la Desamortización de Mendizábal.

La cabecera está compuesta por cinco ábsides que albergan otras tantas capillas.

Las cubiertas están realizadas con bóvedas de crucería soportadas por arcos formeros y fajones doblados; en el transepto y el presbiterio se utiliza bóveda de cañón apuntado.

La bóveda del sotacoro es muy rebajada, como corresponde a un espacio de escasa altura.

Las columnas adosadas a los pilares van rematadas por capiteles labrados que muestran motivos vegetales.