La iglesia hace las funciones de parroquia y todavía ofrece los oficios litúrgicos en contadas ocasiones.
Sandoval fue desde entonces filial de la Santa Espina, aunque en poco tiempo le igualaría en importancia.
El entorno de las ruinas que aún quedan en pie está protegido contra la barbarie y la rapiña.
En esta época se construyó la cabecera, crucero y primer tramo de las naves.
En estos espacios se manejaron ya soluciones del gótico, como el empleo de bóveda con ojivas sobre soportes románicos.
La segunda etapa se inició en el siglo XV con la prolongación de las naves añadiendo otros dos tramos y cerrando el todo con un hastial.
[6] Fue construida entre finales del siglo XII y principios del XIII; en su origen se edificó solo la cabecera con su tramo recto, el crucero y el primer tramo, quedando inconclusos los pilares torales.
El resto se fue construyendo a lo largo de los tres siglos siguientes cuando las modas arquitectónicas ya habían evolucionado.
La construcción románica paró sus obras —y cerró con un muro todo el hastial del oeste— a la espera de mejores tiempos económicos que no llegaron hasta 1462, en un gótico tardío.
En ese año y utilizando en parte los sillares del cerramiento, se completaron los otros dos tramos que habían quedado inconclusos.
Se completaron los pilares más occidentales, cruciformes, con columnas en sus frentes, cuyos capiteles presentan la austeridad del Císter con ornamentación muy sencilla: hojas simples o cogollos con bolas, hojas pequeñas, entrelazos, etc.
El interior de la capilla mayor contiene un retablo del siglo XVII que tapa la estructura cisterciense.
Éste se articula con seis grupos de triples columnas que arrancan del zócalo.
[9] La iglesia tuvo varias puertas de acceso, siguiendo siempre el esquema clásico del Císter.
Todavía quedan restos de la primitiva portada románica que fue sustituida por otra clasicista del siglo XVII.
Aunque sus instalaciones están ruinosas, todavía se puede ver cómo estuvo dividido en dos pisos, sujetas sus pandas por arquerías y pilastras toscanas.