En los años 940 una nueva iglesia, dedicada a San Miguel, fue construida por iniciativa del conde Seniofred.Se añadieron tres ábsides al santuario, la cripta, el atrio y dos campanarios lombardos.A principios del siglo XII se reconstruye el claustro con 63 columnas de mármol y capiteles esculpidos.Estas obras se deben al abad Gregorio, que fue elegido arzobispo de Tarragona en 1136.A partir del siglo XVI los monjes ya no viven monacalmente: los nuevos monjes prefieren ejercer diversos oficios que les rinden beneficios económicos (el enfermero, el celador, el sacristán mayor, etc.) y disponen, cada uno de ellos, de una habitación particular.En 1913, el escultor americano George Grey Barnard, que ya había comprado algunas esculturas de Cuixá a un anticuario parisino, se desplaza a este lugar y adquiere muchas de las obras que se hallaban diseminadas por el país.Las mismas dan origen a la reconstrucción del claustro en el The Cloisters de Nueva York.En 1936, las obras son dirigidas por el arquitecto catalán Josep Puig i Cadafalch, obligado a huir de España durante la guerra civil.
