Estas delimitaciones aparecen en un documento del siglo X.

Las tres regiones que constituían el territorio de la diócesis aparecieron como arcedianatos en el siglo XI.

Sólo a partir del siglo IX se encuentran informaciones más ciertas sobre la diócesis y también la serie episcopal se vuelve más continua, especialmente a partir del obispo Audesindo (856-885).

El obispo Lupe Martínez Lagunilla optó en 1564 por la sede metropolitana de Tarragona, elección confirmada por el papa Gregorio XIII con una bula enviada al obispo Pedro Mártir Coma (1569-1578).

A partir del siglo XIII la cercana ciudad de Perpiñán había ido ganando importancia, desde el punto de vista civil, económico y político.

[1]​ Mientras residían en Perpiñán, los obispos continuaron llevando el título único de Elne hasta la Revolución francesa.

[2]​ En junio de 1817 se estipuló un nuevo concordato entre la Santa Sede y el gobierno francés, al que siguió el 27 de julio la bula Commissa divinitus, con la que el papa restauró la sede Elnensis.