Desde sus inicios este monasterio se regirá según la regla benedictina.

[5]​ En una bula firmada por el papa Alejandro III, y que data del año 1162, ya se menciona a Santa María de Nogales junto a otros monasterios cistercienses al igual que Espinareda, Montes, Carracedo, Almázcara, Castañeda.

[10]​ Hacia 1249 se terminó de construir una nueva iglesia, según consta en una bula del papa Inocencio IV.

[11]​ El monasterio permaneció habitado hasta el año 1836, en que fue exclaustrado durante la Desamortización de Mendizábal.

El arqueólogo Manuel Gómez-Moreno en un viaje que realiza por el norte de España a comienzos del siglo XX ya describe y cataloga los restos del conjunto.