Molochansk fue fundada, con el nombre de Halbstadt, en 1804 por colonos menonitas alemanes que habían sido invitados a colonizar las vastas estepas del Imperio ruso.

Éstos habitantes tenían como lengua materna el plautdietsch y procedian de Prusia Occidental.

Los menonitas habían sido invitados a fundar la colonia de Jórtytsia en 1789 por la zarina Catalina II.

En la primera mitad del siglo XIX, la rama económica más importante de la colonia era la ganadería ovina, que luego dio paso a la agricultura.

Las poblaciones de origen alemán están registradas como Volksdeutsche y algunas se alistan en la Wehrmacht.

Debido a las políticas nacionales hostiles hacia los menonitas en la Unión Soviética del siglo XX, casi no quedan menonitas en la región y una gran cantidad de personas perdieron todas sus posesiones, abandonaron el país o fueron reubicadas en Siberia, Kazajistán (principalmente en la región de Karagandá) y Kirguistán.