Muy pronto asumió responsabilidades de mando, dirigiendo la brigada Emam Rezá en 1982 y, al año siguiente, con 22 años, la 5.ª división Nasr-e Jorasán.

En ese año, Qalibaf contrajo matrimonio en ceremonia oficiado por el propio ayatolá Jomeini.

Varios días después de la represión de las mismas, el diario Keyhán, próximo al ayatolá Jameneí, publicó una carta confidencial de varios altos mandos militares –entre ellos Qalibaf–, dirigida al entonces presidente Seyed Mohammad Jatamí, amenazando con intervenir «si el gobierno no controla los disturbios».

Varias facciones conservadoras sopesaron apoyar su candidatura, pero finalmente fue la de Mahmud Ahmadineyad la que recabó más apoyos, y Mohammad Baqer Qalibaf quedó en cuarta posición en la primera vuelta, por delante de Alí Lariyaní y por detrás de Mehdí Karrubí.

[13]​ En septiembre, Qalibaf fue designado como alcalde de Teherán por el consejo municipal de la ciudad en una votación ajustada, aunque su reelecciónen 2007 fue más holgada gracias a su popularidad.

[15]​ Qalibaf registró su candidatura el 11 de mayo, último día del plazo para hacerlo.

[16]​ En la asamblea de 2008 en Davos (Suiza) del Foro Económico Mundial, Qalibaf afirmó que Irán no necesita armamento nuclear ni no convencional para su defensa, añadiendo que «según nuestra creencia islámica, este tipo de cosas está prohibido».